In PUZZLE BOBBLE UNIVERSE geraten die Brüder Bub und Bob auf ihrem Weg durch ein unbemanntes Raumschiff immer tiefer in Scherereien mit den Blasen, als ein Hilferuf aus der Ferne die beiden erreicht. Was das Dinosaurier-Duo bislang nicht weiss: Einige Planeten in nächster Umgebung sind durch nahe "Türen" verbunden, die geöffnet wurden und Unmengen von Blasen, die in Windeseile zu gefährlichem Weltraumschrott werden, freisetzen. Als Bob vom Boss gefangen gehalten wird, muss Bub schnell handeln, um die zukünftige Sicherheit aller Planeten und deren Bewohner zu sichern.